梵蒂岡檔案館館長在聖誕節夜裏遇害，兇手割去了他背上的一塊皮膚並留下一個符號。意大利國家安全局長請來正在羅馬旅行的符號學家白蘭心，而館長收養的孫女也來到現場，她找到拿到了館長留下的鑰匙，並邀請白蘭心與她一起尋找館長守護的寶藏。此後接連發生四起命案，死者背上都被割去一塊皮膚。與此同時，美國國防部副部長收到勒索信，受到脅迫不得不出賣國家安全。白蘭心和索菲婭經歷諸多磨難，終於解開館長的真實身份，而他所守護的祕密就是傳說中的魔法石。通過一系列複雜推理，白蘭心發現列奧納多·達·芬奇可能知道魔法石的下落並巧妙地將它隱藏在畫中。在新年到來之時，一切兇案的幕後主使終於現身，而此時的梵蒂岡正面臨被衛星摧毀的危機。